用R語言做Venn（韋恩）圖

首先介紹一下韋恩圖（英語：Venn diagram） ，也叫做文氏圖、溫氏圖、范氏圖，這都一個意思。它是數學學科中分支集合論（或者類的理論）的一支，在不太嚴格的意義下用來表示集合（或類）的一種草圖。Veen圖是用于展示在不同的事物群組（集合）之間的數學或邏輯聯系，尤其適合用來表示集合（或）類之間的“大致關系”，這“大致關系”就意味著它是不精確的。它也常常被用來幫助推導（或理解推導過程）關于集合運算（或類運算）的一些規律。

學過基礎數學的都知道，咱們在學習集合論的時候，絕對畫過韋恩圖。用韋恩圖來表征分組彼此之間的關系，觀察公共區域以及每個分組的單獨部分的情況。在生態學以及微生態研究中會用Venn圖來展示幾個分組之間關系的結果。

那么用R語言應該怎樣做呢？

需要加載的軟件包：colorfulVennPlot

數據準備形式如下：

我們現在想知道A、B、C這3個樣地之間關于共同有的OTU以及獨自具有的OTU數量的關系，每個樣地有3個重復樣。且看用R怎樣做出你想要的結果：

setwd("C:/Rwork")#設置工作目錄，我的工作目錄設置為C盤Rwork文件夾

library(colorfulVennPlot )#加載colorfulVennPlot軟件包，當然前提是你先下載好colorfulVennPlot軟件包，如果沒有的話，執行以下命令來下載：

install.packages("colorfulVennPlot ")#這一步是為了下載好colorfulVennPlot軟件包

a<-read.csv("practice2", header=T)#讀取要分析的數據，將其命名為a

rownames(a)<-a[,1]#將上一步的a數據矩陣的第一列提取出來，因為是你要分析的部分，命名為rownames(a)，也可以是其他的名字

a<-a[,-1]#a數據的第一列作為表格的行名

head(a)#這一步不是必須的，這一步的意思是查看你新命名的a數據的前6行

grouped <- data.frame(A=rowSums(otu[,c(4,5,7)]),B=rowSums(otu[,c(1,2,6)]),C=rowSums(otu[,c(3,8,9)]))#我要詳細解釋這一命令的含義：根據我們之前給的practice2這個表格數據，以及我們將第一列數據作為行名。我們可以看到第4，5，7列是A樣地組；1，2，6列是B樣地組；3，8，9列是C樣地組；我們將重復樣進行求和，最終表格合并為3列A,B,C；且將其命名為grouped名字。

grouped#你可以查看合并之后的表格grouped

vennData<-createVennData(grouped,type="count",Cols=c("A","B","C"),Splits=c(0.1,0.1,0.1))#根據上述的一系列條件進行venn計算，設置顏色，類型，標簽等等。

vennData#查看venn計算之后的結果

plotVenn(vennData$x,vennData$labels)#venn出圖結果

結果如下：