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R語言將層次聚類中的樹分成簇
2018-01-19
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R語言將層次聚類中的樹分成簇

說明

在聚類樹圖中可以觀測到聚類的層次，但是仍然得不到組的信息，不過我們可以定義一個聚類樹圖會擁有多少個簇，并控制樹的高度以便將樹分成不同的組。
操作
接上節的數據hc
將數據分成四組
fit = cutree(hc,4)
檢查數據的簇標簽
fit
 [1] 1 1 2 1 2 1 2 2 1 1 1 2 2 1 1 1 2 1 2 3 4 3 4 3 3 4 4 3 4 4 4 3 3 3 4 4 3 4 4 4 4 4 4 4 3 3 4 4 4 3 4 3 3 4 4 4 3 4 4 3
統計每一個簇中的對象數

table(fit)
fit
 1  2  3  4
11  8 16 25
使用紅色矩形框可視化矩形的簇

plot(hc,hang = -0.01,cex =0.7)
rect.hclust(hc,k=4,border = "red")

除了使用紅色矩形來框來界定簇，還可以使用它對單獨某個簇進行標記：

plot(hc,hang = -0.01,cex =0.7)
rect.hclust(hc,k = 4,which = 2,border = "red")

標記特定簇
還可以調用dendextend包，使用不同的顏色來繪制紅色矩形框的各個不同聚簇。
根據分支所在的不同簇，對其涂色

library(dendextend)#delete
dend %>% color_branches(k=4) %>% plot(horiz = TRUE,main = "Horizontal Dendrogram")

不同簇不同色
在這些簇周圍添加紅色矩形框

dend %>% color_branches(k=4) %>% plot(horiz = TRUE,main = "Horizontal Dendrogram")
dend %>% rect.dendrogram(k=4,horiz = TRUE)

最后，在圖中添加一條切割線來展示對樹的操作結：
dend %>% color_branches(k=4) %>% plot(horiz = TRUE,main = "Horizontal Dendrogram")
dend %>% rect.dendrogram(k=4,horiz = TRUE)
abline(v = heights_per_k.dendrogram(dend)["4"] + .1,lwd = 2,lty = 2,col = "blue")

水平聚類樹中繪制分割線


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