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用什么畫SNP標記染色體分布密度圖?
2020-04-22
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想畫SNP標記在不同的染色體的分布密度,但是不知道用什么軟件畫出來的?說不定在論壇發個貼就能解決你的困擾哦~


這不,有網友發個貼提問,就有碼農分享自己的代碼了。小編把代碼也貼出來給大家瞄瞄……


用什么畫SNP標記染色體分布<a href='/map/midongtu/' style='color:#000;font-size:inherit;'>密度圖</a>?


所用軟件:Matlab(可自行上網下載安裝)


畫圖思路:將有SNP標記畫為藍色火柴桿圖,沒有SNP標記的用白色火柴桿圖覆蓋。


數據準備:sheet1為各染色體SNP標記的位置,sheet2為SNP標記對應的藍色火柴桿圖的線高,sheet3為SNP標記對應的白色火柴桿圖的線高。


用什么畫SNP標記染色體分布<a href='/map/midongtu/' style='color:#000;font-size:inherit;'>密度圖</a>?


代碼如下:


-----------------代碼開始了-----------------


[n,b]=xlsread('bar18k MAF.xlsx',1);

[n2,b2]=xlsread('bar18k MAF.xlsx',2);

[n3,b3]=xlsread('bar18k MAF.xlsx',3);

figure;

hold;


for i=1:1:12;

h=stem(n(:,i),n2(:,i),'lineWidth',0.1);

hc=get(h,'children');

set(hc(2),'visible','off');

plot(n(:,i),n2(:,i),'b','lineWidth',0.1);

h=stem(n(:,i),n3(:,i),'w','lineWidth',0.1);


hc=get(h,'children');

set(hc(2),'visible','off')

plot(n(:,i),n3(:,i),'b','lineWidth',0.1);

end


plot([0,45000000],[0.5,0.5],'k');

set(gca,'TickDir','out');

set(gca,'Xlim',[0,45000000]);

set(gca,'XTick', (5000000:5000000:45000000));

set(gca,'XTickLabel',b2(1:9));

set(gca,'ylim',[0.5,12.25]);

set(gca,'yTick', (1:12));

set(gca,'yTickLabel',b);

set(gca,'xcolor',[0,0,0]);

set(gca,'ycolor',[0,0,0]);

set(gca,'FontName','Times New Roman','FontSize',14);

clear all;


-----------------代碼結束了-----------------


畫出來的結果圖:


用什么畫SNP標記染色體分布<a href='/map/midongtu/' style='color:#000;font-size:inherit;'>密度圖</a>?


如果你有R語言的代碼,也非常歡迎公開貼出來

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