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R語言高質量繪圖的10條tips
2018-02-15
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R語言高質量繪圖的10條tips

在這篇文章開始之前我想你一定學習了大量如何用R繪制精美的統計圖的方法,現在是時候向大家展示你的圖形了。你可能會將你的統計圖形打印出來,或者是插入到文檔中去,或者把它發布到網上,只要你保證最后讓大家看到的圖別丑到天際就行。這里要跟大家分享10條如何讓你的統計圖看起來完美無缺的建議。

1. 從腳本中調用正確的設備驅動程序

用軟件生成圖片后直接點“另存為”某種格式的圖片保存方法看起來6得飛起。然而這種快捷方法不能進行圖形設置,甚至有些情況下文件格式都是默認的。如果在圖形創建完成后再去手動調整圖形尺寸的話,你可能會得到一些不期望看到結果(比如說你畫出的圓形看起來像是橢圓)。同樣的原因,也盡量避免使用 dev.copy 這樣的命令,盡管這要節省不少事。

最好的方法是創建一個腳本文件然后用命令調用設備驅動程序(通常是pdf或者png格式),運行繪圖代碼,然后用一個dev.off() 結束命令。比如說:

png(file = "mygraphic.png", width = 400, height = 350) plot(x = rnorm(10), y = rnorm(10), main = "example") dev.off( ) 

這樣做的好處是不僅能夠畫出更好的統計圖,并且當你忘記如何手動操作繪圖時,你會有辦法在接下來的時間里重新創建一樣的圖形。

2. 打印圖形請用PDF格式

如果你打算打印圖形,則需要使用基于向量的格式。這意味著圖形是一個獨立的尺度格式表示的,它可以在任何尺寸或大或小的創建不產生鋸齒線或像素化文本。這樣的圖形你在打印機上打印時,即使打印機的圖形被放大或縮小,不管打印機的每一點(每英寸點數)高低,線條都會顯得平滑,文字也會清晰無比。

PDF(通過pdf()命令)是最好的選擇:無處不在的PDF 閱讀器讓你輕松地在Windows、MacOS以及Linux上面瀏覽你的圖片。另外高質量的PDF圖形也幾乎可以在任何打印機上打印出來。無論對方是否有高質量的圖片要求,用PDF圖形格式發送郵件都是最好的選擇。

3. 網頁顯示請用PNG格式

PDF格式不大方便嵌入到網頁中去,作為替代你需要使用基于像素的格式。GIF是一直以來廣受歡迎的格式,但也有一些局限性(尤其是在使用多種顏色的圖形,像圖像圖在GIF中看起來就不大正確)。這種情形下最好的選擇是PNG格式,可以由png()命令生成,大多數瀏覽器都可以較好地支持PNG圖形顯示。

使用png()時你需要做的選擇是像素圖形的尺寸(具體包括指定寬度和高度的參數)。x維度的選擇是最重要的:理想的情況是,你希望整個圖形立刻在屏幕上全部出現,而不是需要觀眾拖動水平滾動條來看到整個圖形。

現在幾乎每個顯示器都超過800像素,所以寬度= 800對于全屏圖形是一個不錯的選擇。如果你的圖表需要適合一個欄目(比如一個博客條目),你可能想把它縮減到400像素。選擇基于你所需的縱橫比Y維(見# 6,下同),在大多數情況下我發現選擇一個較小的y (約85-90% x)效果很好。

如果你不能提前確定網頁上的圖形有多大,一個簡單的訣竅是提高分辨率(任一方向超過1200像素),并使用height 或者 width = options(無需同時指定,以保存寬高比)為HTML中的img標簽縮小尺寸。 這會使你的頁面加載速度變慢,但是大多數瀏覽器在調整圖像大小時都能保持圖像質量。(生成高分辨率PNG文件時,請參閱#5中的一些注意事項。)

記?。罕M管顯示分辨率變低使得最終圖形中所含細節信息越少,但一些情況我們只需要大尺寸下的效果。

4. 對于文檔或者細節,請提高圖形分辨率

如果你在Word或PowerPoint之類的文檔中插入圖形,那么像PDF這樣的向量格式圖片在理論上是最好的,因為它與尺寸無關。然而,在實踐中微軟的產品大多不能可靠地處理嵌入式矢量圖形:盡管在經過一些努力后,圖片在打印時看起來正常,但是編輯或檢查包含矢量圖形的文檔可能會很麻煩(開源的LaTeX處理起來更好,內嵌的PostScript是最好的選擇)。

在這種情況下,折衷的辦法是使用PNG作為Web示例,但要需要高得多的分辨率。在Word中,你可以調整圖形尺寸,高分辨率會使得你在調整尺寸時獲得充分的靈活性。我建議在標準打印機的最長邊上至少要有1200個像素。如果你的圖片正在專業印刷(例如在一本書或海報上),請向你的印刷店咨詢他們的建議(他們可能需要一個PostScript或一個非常高分辨率的TIFF文件)。

5. 認真選擇尺寸

R一直都有一個以英寸為單位的圖形真實尺寸的概念,獨立于用于渲染PNG的像素數或實際大小,PDF可以在打印時放大或縮小。當你在圖形上使用文本時,維度的選擇將會非常重要。

R使用X和Y軸上的圖形英寸數來確定頁面上所添加的文本的實際寬度和高度。一般而言,隨著英寸的圖形尺寸變大,文本相對于圖形的大小變??;相反,對于較小的圖形,文本相對于圖形元素變得更大。你可以正確使用cex選項來執行文字繪圖命令,但總感覺略微繁瑣。

PDF圖形是最容易處理的,你可以方便地設置圖形寬度和高度。即使你計劃在巨幅海報上展示你的圖表,最好還是保持7-10英寸的圖形尺寸。這是一個適合A4(公制)紙的尺寸。由于PDF是可伸縮的,你可以放縮你的圖形,但無論你怎樣操作,請保證最后的圖片是一個相對舒適的尺寸。

PNG格式就有點惡搞了。R默認每英寸像素大小為72,當你增加圖形像素的時候圖形尺寸也在增加。這是一個400x350像素默認設置的圖形實例:

png(file = "animals72.png", width = 400, height = 350, res = 72) plot(Animals,  log="xy",  type="n",  main = "Animal brain/body size") text(Animals,  lab=row.names(Animals)) dev.off()

R假設圖的面積是5.55英寸,所以默認的文本大小相對于圖本身來說是稍大一點的。你可以將此參數與PNG參數進行更正,PNG指定每英寸像素數。像素越小,以英寸為單位的面積越大,相對于圖形的文本越小。讓我們看看把這個降到45英寸時會發生什么:

png(file = "animals45.png", width = 400, height = 350, res = 45) plot(Animals,  log="xy",  type="n",  main= "Animal brain/body size") text(Animals,  lab=row.names(Animals)) dev.off()

注意圖標題和文本標簽都變得很小,圖形看起來也不那么擁擠了。我喜歡選擇一個在8-10英寸范圍內給出x尺寸的分辨率(這里是400/45=8.33英寸)。

6. 考慮圖形寬高比

R的PDF圖形驅動程序默認情形下會生成一個7x7英寸的方框,所以對于PNG圖形而言選擇相同X和Y軸的像素分辨率極具吸引力。但有些圖形的寬度看起來要比上面的大得多(比如說時間序列圖)。

選擇PDF或者PNG圖形像素時要考慮圖形的寬高比,并且選擇跟數據相適宜的X和Y軸比率。但不管你怎么操作,都不要把默認值當回事,要及時根據圖形大小調整寬高比,不然的話你的圖形元素可能會丑到變形。

另外還需要記住,在PDF或PNG調用中設置的圖形維度包括圖本身周圍的所有外部邊距,默認情況下,它們在所有方面都不是相同的尺寸。你需要相應地調整圖形大小,或者重新設置邊距,如下一個tips所言。

7. 圖形外部邊距不用的盡量刪除

R在標題圖形的頂部、軸標簽的底部和左側會預留空間。如果你的圖形不包含任何這樣的標簽,那么使用這個空間來繪制一些圖形元素是一個不錯的主意。這使得你的圖形更容易嵌入到一個網頁或文檔中而不必亂用裁剪。如果你以后需要在更小的尺寸上復制你的圖,這就會變得容易很多,其中預留給標簽的空間可以占據繪圖區域的很大一部分。且看如下例子:

png(file = "notitle.png", width = 400, height = 350) par(mar = c(5, 3, 2, 2) + 0.1) hist(rnorm(100), ylab = NULL, main = NULL) dev.off( )

Mar參數中的4個數據分別表示圖形下左中右與各自邊線的距離,比如頂部邊距默認為4.1,我這里把減小到了2.1,生成的柱狀圖與原圖相比就要更緊湊一點了。

8. 圖形保真

當計算機屏幕上顯示對角線時,屏幕上的點與矩形網格會出現不完全對齊的現象。這會使線條看起來像鋸齒形的,而不是平滑地上升。圖形保真可以避免出現這樣的情況,采用自動使用灰色像素線不完全填充屏幕上的像素,可以減少這種鋸齒效應使得線條在屏幕上看起來更加平滑。

當你的圖形時PDF格式就不用擔心這種情況了,PDF會自動處理這一問題。但如果是PNG那就要需要對圖形保真處理一下了。下圖分別是沒有經過保真處理和經過處理之后的圖形對比。顯而易見的是處理后的圖形文本更加清晰并且曲線也很平滑。

9. 永遠不要使用JPEG格式

你可能會嘗試在Web上使用JPEG(又名JPG)圖形格式,但這是一個餿主意。JPEG適用于類似照片的圖像,但在典型的R圖形中引入了圍繞線條和字母的模糊處理過程,這使得另存為JPEG格式的R統計圖模糊不堪。將PNG格式轉換為JPEG格式或許能為你節省那么幾KB的內存,但得犧牲圖片質量這樣的代價。

10. 要具有創造性

當然,做一張讓人稱贊的統計圖的最重要的建議是:做一個漂亮的圖形!定量數據的圖形顯示在某種程度上比數學推導更具藝術性,但作為一個一般規則,要想讓你的數據用圖形講述故事,這需要一段時間和精力的投入。幸運的是,R為你提供了所有的工具,圖形所需的任何元素都可以在R中實現完美的搭配。當然了,長時間的嘗試與摸索是不可或缺的。


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